Apteki chcące przystąpić do Narodowego Programu Szczepień mogą składać wnioski do właściwego oddziału NFZ. Kwalifikację do programu otrzymują apteki ogólnodostępne, apteka musi mieć aktywny status w Rejestrze Aptek. Do szczepienia konieczne jest posiadanie przez pacjenta e-skierowania, jednakże kwalifikacji i podania szczepionki dokonuje farmaceuta, który posiada uprawnienia do kwalifikacji lub do wykonywania szczepień ochronnych przeciwko COVID-19. Apteka, w której przeprowadzane są szczepienia, musi spełniać również odpowiednie warunki lokalowe. Kwestią budzącą duże wątpliwości jest informowanie przez apteki o wykonywanych szczepieniach, nie naruszając tym samym zakazu reklamy apteki.