W związku z pracami legislacyjnymi nad ustawą o zawodzie farmaceuty, toczy się dyskusja na temat niezależności i samodzielności farmaceuty. Ustawa o zawodzie farmaceuty wprowadza do polskiego porządku prawnego ochronę niezależności farmaceuty. Jako przedstawiciele samodzielnego zawodu medycznego, farmaceuci nie będą związani poleceniem służbowym podmiotu prowadzącego aptekę – pracodawcy, w zakresie sprawowania opieki farmaceutycznej, udzielania usług farmaceutycznych, czy wykonywania zadań zawodowych, w tym kierowania apteką, działem farmacji szpitalnej lub hurtownią farmaceutyczną.