Działalność aptek w zakresie, w jakim prowadzona jest w nich sprzedaż produktów objętych refundacją, podlega ścisłej kontroli NFZ. Jej przedmiotem jest szeroko pojęta realizacja umowy na wydawanie refundowanego leku, środka spożywczego specjalnego przeznaczenia żywieniowego oraz wyrobu medycznego na receptę, oceniana z punktu widzenia zgodności z przepisami prawa i postanowieniami samej umowy.