Określone przez ustawodawcę okresy rozliczeniowe determinują przedziały czasowe, w których apteki są zobowiązane do gromadzenia danych o wydanych pacjentom produktach refundowanych. Na ich podstawie możliwe jest przekazanie do Funduszu informacji na temat uzyskanej wartości refundacji, a następnie wypłata należności na rzecz świadczeniobiorcy. Należy mieć na uwadze, że w zależności od rodzaju zawartej umowy okresy rozliczeniowe różnią się długością, a tym samym odmienne są uregulowania dotyczące terminów przekazywania danych oraz ich korygowania.