Poza szeregiem obowiązków wynikających z realizacji recept, każda apteka zobowiązana jest również w określony sposób przechowywać dokumentację, która w aptece jest przetwarzana. Kwestię przechowywania i archiwizowania dokumentacji w aptece reguluje ustawa Prawo farmaceutyczne i rozporządzenie w sprawie recept, które to akty prawne wzajemnie się uzupełniają.