Przy nieobecności kierownika apteki powyżej 30 dni musi zostać ustanowiony Jego zastępca, którym może być tylko farmaceuta posiadający uprawnienia do pełnienia funkcji kierownika apteki (5 lat stażu pracy w aptece lub 3 lata i specjalizacja apteczna – art. 88 Prawa farmaceutycznego). Może to być także tylko taki farmaceuta, któremu kierownik zastępstwo powierzy i który podejmie się zastępstwa w oparciu o odpowiedni aneks do umowy lub umowę w sprawie zatrudnienia.