Prowadzenie apteki jest jedną z form działalności gospodarczej, dlatego obowiązkiem każdej apteki jest posiadanie i bieżące prowadzenie określonej dokumentacji. Zgodność dokumentacji z obowiązującymi przepisami podlega weryfikacji ze strony organów kontroli, w tym m.in. inspekcji farmaceutycznej, inspekcji sanitarnej czy NFZ.